Investigasi kematian yang terjadi di air selalu menghadirkan tantangan Khusus Patolog forensik. Menentukan apakah korban meninggal karena tenggelam (kecelakaan atau bunuh diri) atau sudah meninggal sebelum masuk ke air (misalnya, karena serangan jantung atau trauma), memerlukan serangkaian pemeriksaan yang cermat. Proses autopsi harus dirancang untuk mencari bukti pasti yang mendukung kesimpulan tenggelam yang akurat.

Salah satu kesulitan Khusus Patolog adalah kurangnya temuan tunggal yang patognomonik (khas dan pasti) untuk kasus tenggelam. Tanda klasik seperti cairan di paru-paru (pulmonary edema) dan pendarahan kecil pada pleura (tardieu spots) juga dapat ditemukan pada penyebab kematian lain. Oleh karena itu, diagnosis sering kali didasarkan pada kombinasi temuan yang didukung oleh riwayat kasus.

Tantangan Khusus Patolog lainnya adalah analisis diatomae. Diatomae adalah alga mikroskopis yang ditemukan di sebagian besar badan air. Jika korban masih hidup saat tenggelam, diatomae akan terhirup ke paru-paru dan masuk ke aliran darah. Keberadaan diatomae di organ-organ jauh (seperti sumsum tulang) dapat menjadi bukti kuat bahwa korban masih bernapas ketika berada di air.

Namun, analisis diatomae sendiri juga memiliki keterbatasan. Tingkat keandalan tes ini bergantung pada kualitas dan kuantitas diatomae yang ditemukan, serta adanya kontaminasi. Penilaian Khusus Patolog harus menggabungkan temuan toksikologi dan histopatologi. Toksikologi membantu menyingkirkan kemungkinan overdosis atau keracunan yang mendahului insiden di air.

Identifikasi korban tenggelam yang sudah membusuk (putrefied) juga merupakan tantangan Khusus Patolog. Proses dekomposisi di air, ditambah dengan kerusakan oleh fauna air, dapat menghilangkan fitur wajah dan sidik jari. Dalam kasus ini, patolog harus mengandalkan metode identifikasi canggih seperti pemeriksaan gigi (odontologi) dan analisis DNA dari jaringan yang terlindungi.

Perbedaan komposisi air, seperti air laut (asin) dan air tawar, dapat memberikan petunjuk forensik. Pada kasus tenggelam di air tawar, penyerapan cepat air ke aliran darah dapat menyebabkan hemolisis dan ketidakseimbangan elektrolit yang cepat. Penilaian ini, meski kontroversial, tetap menjadi bagian dari pertimbangan Khusus Patolog.

Kolaborasi erat antara Khusus Patolog dan penyelidik tempat kejadian perkara (TKP) sangat penting. Informasi mengenai lokasi penemuan, suhu air, dan kondisi pakaian korban membantu patolog dalam menginterpretasikan temuan post-mortem. Setiap detail kecil dari TKP dapat membedakan antara kecelakaan, bunuh diri, atau tindak kriminal yang disamarkan.